Seit Binnig und Quate [8] 1986 das Kraftmikroskop vorstellten, wurde diese Technik rasant weiterentwickelt und ist heute eine der wichtigsten Analysetechniken in der Oberflächenphysik. Beim AFM wird die Oberfläche der Probe mit einer feinen Spitze abgetastet. Das untere Ende der Spitze, daß die Oberfläche der Probe abtastet, sollte möglichst schmal sein (im Idealfall nur noch ein Atom), da die Auflösung des AFM's durch die Abmessungen der Spitze bestimmt wird. Dieses schmale Ende der Spitze wird so nah an die Probe herangefahren, daß sich die Elektronenwolken von Spitze und Probe überlappen. Die Spitze ist an dem oberen Ende mit einem optischen Hebel verbunden, über den ein Laserstrahl in eine segmentierte Fotodiode reflektiert wird. Wenn die Spitze die Oberfläche abtastet, werden Höhenunterschiede über die Änderung der Reflektion auf dem optischen Hebel sichtbar. Da der optische Hebel nur begrenzt biegsam ist und die Kräfte sehr klein bleiben müssen um die Spitze nicht zu zerstören, wird der Abstand zwischen Spitze und Probe über einen Piezokristall konstant gehalten. Die Höhenänderung wird mit Hilfe des Computers zu einem Topographiebild der Oberfläche zusammengesetzt. Das AFM gibt keine Auskunft über das Material der Probenoberfläche, ist jedoch durch die exakte Höheninformationen die perfekte Ergänzung zum REM.
Insbesondere für sehr weiche und empfindliche Proben gibt es bei den meisten Kraftmikroskopen das sogenannte Tapping-Mode Scanverfahren. Bei diesem Verfahren wird die Spitze zusammen mit dem optischen Hebel in eine Resonanzschwingung bei einigen hundert Kilohertz versetzt. Die Spitze berührt somit nicht ständig die Oberfläche, sondern tippt in schneller Abfolge immer wieder von oben auf die Probe. Dadurch werden Veränderungen auf der Probenoberfläche beim Scannen weitgehend vermieden und die Abbildung von sehr weichen Proben, wie z.B. den meisten biologischen Proben, erst ermöglicht.
In dieser Arbeit wurden zwei verschiedene AFM's verwendet. Das Nanoscope IIIa von der Firma ,,Digital Instruments``, und das Explorer von der Firma ,,Topometrix``. Es wurden Tapping-Mode Spitzen von der Firma ,,Nanoprobe`` und der Firma ,,Thermomicroscopes`` verwendet.