Es gibt sehr unterschiedliche Verfahren um dünne Beschichtungen herzustellen, die sich grob in vier Klassen einteilen lassen: Die physikalischen Abscheidemethoden (PVD)2.9, die chemische Gasphasenabscheidung (CVD)2.10, das Elektroplating und Spray-Methoden [21]. Spray-Methoden sind nur für dicke Schichten geeignet, da sie sehr hohe Wachstumsraten haben. Wenige Nanometer dünne Schichten können gar nicht oder nur mit großen Ungenauigkeiten aufgetragen werden. Elektroplating ist ungeeignet, da die zu beschichtende Oberfläche dazu in eine Lösung getaucht wird, wodurch die S-layer von der Oberfläche abgelöst würden. Außerdem ist die Anzahl der möglichen Metalle und Legierungen bei Elektroplating Verfahren begrenzt. Bei CVD Verfahren wird die Probe im Allgemeinen erhitzt. Dadurch würden aber gleichzeitig die S-layer Proteine zerstört. Somit bleiben für die S-layer Maskentechnik nur PVD Verfahren übrig.
Die PVD Verfahren lassen sich wiederum in drei Techniken unterteilen: Verdampfungstechniken, Sputterverfahren und die Laserablationsverfahren (PLD)2.11. Die PLD ist für Metalle nur wenig geeignet, da die Laserstrahlung zu stark reflektiert wird. Mit Aufdampftechniken, wie sie in der Molekularstrahlepitaxie verwendet werden, stünden zwar sehr schonende Beschichtungsverfahren zur Verfügung. Es ist jedoch auch mit plasmagestützten Verfahren möglich, empfindliche Oberflächen mit ultradünnen Schichten zu bedecken, ohne die Unterlage zu beschädigen. In dieser Arbeit wurde daher das sogenannte Magnetronsputtern verwendet, bei dem das Plasma nur eine vernachlässigbare Wechselwirkung mit dem Substrat hat.